2013 04 16 Gauta parama projektui „Išsamus biožymenų raiškos intranavikinio heterogeniškumo įvertinimas skaitmeninės imunohistochemijos vaizdo analizės būdu”

logotiponuotrauka-c1863be23c4e919d0fb8b453b52f4be1.jpg
Lietuvos mokslų tarybos sprendimu Vilniaus universiteto ir mokslinio tyrimo vadovo Arvydo Laurinavičiaus parengto projekto “Išsamus biožymenų raiškos intranavikinio heterogeniškumo įvertinimas skaitmeninės imunohistochemijos vaizdo analizės būdu” vykdymui skirtas visuotinės dotacijos finansavimas.

Projekto tikslas - sukurti ir išbandyti vėžio audinio heterogeniškumo tyrimo metodologijas, siekiant išsamaus IHC biožymenų raiškos nustatymo.

Projektą vykdys Valstybinio patologijos centro, VšĮ VULSK filialo, direktorius, Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto profesorius Arvydas Laurinavičius kartu su stipria mokslininkų ir specialistų komanda: biologe inžiniere, mikroskopinio vaizdo analizės eksperte prof. Paulette Herlin (Kanų Vėžio centras), prof. Ian Ellis (Notingemo universitetinė ligoninė, JK), Valstybinio patologijos centro specialistais, turinčiais ilgametę patirtį krūties patologijos diagnostikoje ir skaitmeninės vaizdo analizės srityje: med. m. dr. Aida Laurinavičiene, Raimundu Meškausku, Indra Baltrušaityte, ir programinės įrangos inžinieriumi bioinformatiku Yasir Iqbal.
 
Projektas finansuojamas pagal Žmogiškųjų išteklių plėtros veiksmų programos 3 prioriteto “Tyrėjų gebėjimų stiprinimas” įgyvendinimo priemonę Nr. VPI-3.1-ŠMM-07-K “Parama mokslininkų ir kitų tyrėjų mokslinei veiklai (visuotinė dotacija)”. Projekto finansavimas 914 091,59 Lt. Projekto trukmė: 26 mėnesiai.
 
Plačiau apie projektą:
Projekto idėja kilo iš dviejų šiuolaikinio patologijos mokslo tendencijų. Molekuliniai vėžio tyrimai atskleidė reikšmingą intranavikinę ląstelių populiacijų įvairovę. Be jos įvertinimo negalima sukurti patikimų vėžio prognostinių/prediktyvinių žymenų sistemų, reikalingų individualizuotai terapijai. Imunohistocheminiai (IHC) žymenys plačiai taikomi vėžio patologijos tyrimuose ir leidžia analizuoti erdvinius intranavikinės jų raiškos aspektus, tačiau jų vizualus pusiau kiekybinis vertinimas nėra pakankamas pokyčiams objektyvizuoti. Iš kitos pusės, vis plačiau taikomos skaitmeninės vaizdo analizės sistemos, įgalinančios automatizuotą naviko audinio segmentavimą bei kiekybinį IHC žymenų raiškos vertinimą, tačiau kol kas paskelbti tik pavieniai bandymai įvertinti ir erdvinį žymenų raiškos pasiskirstymą naviko audinyje.
 
Vykdydami projektą, mokslininkai sieks sukurti ir pritaikyti metodologijas ląstelių IHC heterogeniškumui vėžio audinyje įvertinti, remdamiesi įvairiomis IHC skaitmeninio vaizdo analizės ir audinių mikrogardelių (AMG) simuliacijos technikomis. Bus taikomi stereologijos ir vaizdo tekstūros analizės principai, siekiant geriausių analizės strategijų. Pasirinktos metodologijos bus optimizuotos taikymui pilno pjūvio vaizduose (PPV) ir AMG. Metodologijos pagrindu bus sukurta ir validuota programinė įranga bei procedūros išsamiam skaitmeniniam IHC įvertinimui, apimančiam kiekybinius ir erdvinius IHC raiškos aspektus. Validuoti įrankiai bus pritaikyti daugiacentrinei (Kanai, Notingemas, Vilnius) krūties vėžio kohortų studijai, siekiant sukurti naujos kartos prognostinius modelius, paremtus daugiamate IHC žymenų raiškos analize, įtraukiant ir erdvinio įvykių heterogeniškumo aspektus. Sukurtos metodologijos ir prognostiniai modeliai bus kryžmiškai validuoti šioje daugiacentrinėje studijoje. Šis darbas inovatyvus, nes integruoja matematines teorijas į žmogaus patologijos diagnozės sritį metodologijos, kiekybinės analizės aspektais bei naujai sukurta navikinio audinio heterogeniškumo metrika. Šiuo požiūriu, darbo nauda gali būti formuluojama kaip reikšmingas analitinis sustiprinimas IHC testų, plačiai taikomų daugelyje patologijos sričių. Praktiniu požiūriu, validuoti metodai leis plėtoti kompiuterines klinikinių sprendimų palaikymo sistemas, integruojamas į laboratorijų ir skaitmeninės patologijos informacines sistemas.